Kinh tế Phú Xuyên hiện tại chủ yếu vẫn là nông nghiệp, dịch vụ và công nghiệp đang phát triển, Phú Xuyên có nhiều làng nghề tiểu thủ công nghiệp tiêu biểu như Xuân La(Phượng Dực) với làng nghề Tò he truyền thống, Chuyên Mỹ là làng nghề khảm trai truyền thống; thêu ren ở Sơn Hà, Dân Chủ (Phúc Tiến), Nam Tiến; nghề làm giấy ở Hồng Minh; nghề may mặc ở, Vân Từ; nghề đóng giày ở Phú Yên; nghề dệt lụa ở Quang Trung; nghề mây tre đan ở Phú Túc, Minh Tân; nghề mộc dân dụng ở Tân Dân,... Tiếp tục phát huy vốn nghề thủ công truyền thống, sản xuất công nghiệp - tiểu thủ công nghiệp của huyện vẫn giữ được nhịp độ tăng trưởng khá, đạt 252,03 tỷ đồng năm 2003, tăng 7,7% so với năm 2002. Trong đó, các ngành hàng đạt mức tăng trưởng cao là: may mặc 51%, hàng mây tre đan xuất khẩu 22,1%, khảm, sơn mài 24,5%, cơ khí và công nghiệp khác 43,4%,...